Na długo przed godziną 18.00 kościół zapełnił się parafianami, którzy w napięciu oczekiwali na zbliżającą się uroczystość pobłogosławienia nowych, mechanicznych organów, największych w Krakowie.
W uroczystości wzięło udział liczne grono kapłanów z JE ks. kardynałem Metropolitą Krakowskim Stanisławem Dziwiszem, ks. kardynałem Franciszkiem Macharskim, ks. prof. Władysławem Zuziakiem, rektorem UP JPII oraz liczni przedstawiciele władz administracyjnych z Marszałkiem Małopolskim Markiem Sową na czele.
Dzień ten zapisze się złotymi zgłoskami w życiu naszej parafii. Otóż o godzinie 18.30 JE ks. kardynał Stanisław Dziwisz słowami „obudźcie się organy, święty instrumencie i rozbrzmiewajcie na chwałę Trójedynego Boga, wysławiajcie Maryję, Matkę naszego Zbawiciela, pomagajcie wiernym w modlitwie i głoszeniu chwały Ojca i Syna i Ducha Świętego” wezwał organy aby się odezwały, a następnie z asystą udał się na chór by tam dokonać okadzenia i poświęcenia organów.

Licznie zebrani parafianie i zaproszeni goście po raz pierwszy usłyszeli dźwięki nowo wybudowanych organów. A było co słuchać. W trakcie mszy św. celebrowanej przez Metropolitę Krakowskiego JE Kardynała Stanisława Dziwisza usłyszeliśmy wiele utworów muzyki kościelnej granej przez pana prof. Henryka Jana Batora oraz pieśni w wykonaniu połączonych krakowskich chórów Instytutu Muzyki Kościelnej, Akademii Muzycznej, Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II oraz Szkoły Muzycznej im. ks. Kardynała Franciszka Macharskiego.
Na zakończenie uroczystości odbył się koncert muzyki kościelnej w wykonaniu pana prof. Henryka Jana Batora, a słuchacze gromkimi brawami nagrodzili wykonawcę.
Budowę organów rozpoczęto w roku 2008 z inicjatywy ks. prałata dr. Roberta Tyrały, naszego Rodaka, dyrektora Międzyuczelnianego Instytutu Muzyki Kościelnej, kształcącego muzyków kościelnych.
Dzięki staraniom ks. Prałata i senatora prof. Kazimierza Wiatra oraz Fundacji im. św. Królowej Jadwigi dla UP JPII przy pełnym poparciu JE ks. Kardynała i aprobacie Ministerstwa Kultury, a w szczególności wiceministra pana Piotra Żuchowskiego, udało się pozyskać środki na odkupienie używanych organów. Organy te, były wybudowane w latach 70. XX w., w kościele św. Pawła w Karisruhe (Niemcy) przez firmę Kleis z Bonn, tą, która po pożarze w Filharmonii Krakowskiej odbudowała uszkodzony instrument.
Ponieważ instrument był niekompletny, trzeba było m.in. dorobić część piszczałek, które dzięki staraniom ks. proboszcza kanonika Stanisława Sudoła, Rady Duszpastersko-Budowlanej i całej wspólnoty parafialnej, wykonała firma holenderska, oraz nową szafę, którą wykonała podkrakowska firma stolarska Andrzeja Wawry.
Budowa organów jest skomplikowanym procesem. Przez trzy lata, organmistrz i stroiciel w Filharmonii Krakowskiej, pan Lech Skoczylas wykonywał żmudną pracę. Przez trzy lata łączył „druciki” i „rurki”, żeby powstał tak wspaniały instrument, który będzie uświetniał liturgię, a także służył studentom w czasie zajęć i egzaminów.
Organy mają 11 m wysokości i tyleż szerokości. Posiadają 57 głosów, w tym 11 tzw. Językowych, imitujących dźwięki instrumentów dętych, 4 manuały, klawiaturę nożną i wiele nowoczesnych rozwiązań elektronicznych.
Wszystkim, którzy w jakikolwiek sposób przyczynili się do powstania tego dzieła
Bóg zapłać.